ซันโจเกิดในนครเกียวโตเป็นบุตรชายของ ไนไดจิง ซันโจ ซาเนสึมุ เขาดำรงตำแหน่งสำคัญหลายตำแหน่งในราชสำนักและกลายเป็นบุคคลสำคัญในฝ่ายต่อต้านตะวันตกและ ต่อต้านโทกูงาวะในขบวนการซนโนโจอิ เขาได้รับพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันสูงส่งยิ่งดอกเบญจมาศ ใน ค.ศ. 1882 และในวันที่ 7 กรกฎาคม ค.ศ. 1882 ซันโจได้รับพระราชทานตำแหน่งเป็นโคชากุ (เจ้าชาย) ภายใต้ระบบขุนนางคาโซกุ ซันโจได้รับราชการจนกระทั่งมีการยกเลิกระบบไดโจกังใน ค.ศ. 1885 หลังจากมีการจัดตั้งระบบคณะรัฐมนตรีแล้วเขาได้กลายเป็นผู้รักษาพระราชลัญจกรของญี่ปุ่น

ใน ค.ศ. 1889 เมื่อนายกรัฐมนตรี คูโรดะ คิโยตากะ และคณะรัฐมนตรีลาออก ทำให้จักรพรรดิเมจิทรงแต่งตั้งซันโจให้เป็นหัวหน้ารัฐบาลอย่างเป็นทางการ และใน ค.ศ. 1890 เขาเข้ารับตำแหน่งในสภาขุนนางในรัฐสภาญี่ปุ่น ที่ตั้งขึ้นใหม่ตามรัฐธรรมนูญเมจิ[1]